
Landon Donovan, nazionale USA dei San Jose Earthquakes, autore di un gol nella MLS Cup 2001
La Major League Soccer decise di cambiare ancora, riducendo le rose delle squadre da 20 a 18 giocatori, ma mantenendo il salary cup allo stesso livello , $1,750,000 (il salario minimo però rimase a $20,000, lo stesso dal 1996, mentre quello massimo passò a $267,500). Il numero di stranieri venne portato da 4 a 3, ma quello dei Transitional (stranieri tra i 23 e i 25 anni) da 12 a 24.
Per quanto riguarda le squadre, la Silicon Valley Sports and Entertainment, proprietaria dei [b”]San Jose Sharks della NHL, investì nei San Jose Earthquakes, che erano sull'orlo del fallimento, e si presentò triplicando il budget dei californiani.
La MLS del 2000 vide arrivare sulle panchine nuovi allenatori come Tim Hankinson, ai Colorado Rapids, e Frank Yallop, che rimpiazzò Lothar Osiander a San Jose. A Dallas, Mike Jeffries venne ingaggiato per sostituire Dave Dir, e Alfonso Mondelo fu ingaggiato per la panchina dei Tampa Bay Mutiny.
Project 40 portò 18 giocatori nella MLS, tra i quali due Under 17 come Edward Johnson e Santino Quaranta, mentre a seguito di uno scambio il difensore Alexi Lalas si trasferì a Los Angeles. Nel frattempo il panamense Jorge Dely Valdez, l'americano Joey DiGiamarino e lo svedese (ex Fiorentina) Anders Limpar lasciarono la lega. Paul Caligiuri, l'eroe che col suo gol fece qualificare la nazionale USA ai Mondiali del '90 decise di ritarsi dal calico giocato.
Un grosso numero di matricole si riversò sulla MLS, con a capo il diciottenne nazionale USA Landon Donovan, che fu ben contento di lasciare la quarta divisione della Bundesliga per raggiungere i San Jose Earthquakes. 
La scarsità  di arrivi da parte di nuovi stranieri testimoniò del cambio di strategia della MLS, che mirava ora a far crescere più i talenti locali che a far svernare vecchi campioni europei ormai al crepuscolo. 
Il SuperDraft 2001 fu mirato su giocatori provenienti dale università , più alcuni della A-League. LA scelta numero uno fu Chris Carrieri, di North Carolina, che fu preso da San Jose. La seconda scelto toccò a Tampa Bay, che puntò su Ali Curtis di Duke, mentre i D.C. United, con due scelte a disposizione, si aggiudicò Mark Lisi, da Clemson, e Ryan Nelson da Stanford.
Il precampionato delle squadre della MLS fu di notevole livello, iniziando una tradizione che va avanti anche oggi. I MetroStars, Kansas City e Colorado andarono a prepararsi in Portogallo, San Jose e Dallas in Messico, mentre New England fece una tournee di sette partite in Costa Rica. I Columbus Crew decisero di allenarsi in Germania, Tampa bay in Colombia, mentre i Galaxy fecero un lungo viaggio fino in Giappone. Alcuni risultati furono ottimi: i MetroStars batterono il Benfica 2-0, vincendo poi altre tre amichevoli e perdendone una sola. I Galaxy invece furono sconfitti dai Verdy Tokyo 3-2 e dagli Urawa Reds 2-1, dopo aver battuto la Cina 3-1.
Nelle due Division la competizione tra le varie squadre fu serrata, con la classifica incerta fino all'ultimo momento. San Jose, guidata dal giovane fenomeno Landon Donovan e da Ronald Cerritos si piazzarono dietro i Galaxy del tedesco Jurgen Klinsmann e del messicano Luis Hernandez che guidavano West, mentre New York, con un Tab Ramos finalmente in salute, si piazzò immediatamente alle spalle dei Miami Fusion nella Western. Chicago, sospinta da un ancor grande Hristo Stoichkov, si aggiudicò la Central Division senza eccessivi problemi, lasciandosi alle spalle i Columbus Crew.
Alcune matricole si misero in luce: gli attaccanti Santino Quaranta dei D. C. United e Rodrigo Faria dei MetroStars, il difensore Ryan Suarez di Dallas e il centrocampista Mark Lisi dei D. C. United. Ma la regular season si chiuse prematuramente, su decisione della MLS, a causa degli attacchi terroristici dell'11 settembre.
Il primo turno dei playoff non portò nessuna sorpresa. Chicago, Miami, San Jose e Los Angeles raggiunsero le semifinali  che furono molto combattute.  San Jose ebbe bisogno di tre partite per eliminare Miami, e lo stesso fu per i Galaxy, che superarono Chicago. La MLS Cup sarebbe stata una finale tutta californiana.
Sulla scia dell'emozione dell'11 settembre, solo 16.000 tifosi si presentarono al Columbus Crew Stadium, ma ne valse la pena.
I Los Angeles Galaxy erano alla loro terza finale, ma erano ancora alla ricerca del loro primo titolo. Mentre i San Jose Earthquakes arrivavano da una splendida regular season. I Galaxy andarono in vantaggio al 21' con Luis Hernandez su assist di Greg Vanney. I Quakes continuarono ad attaccare ma i Galaxy non si persero d'animo, ribattendo colpo su colpo. E al 43' Landon Donovan, su una splendida azione palla a terra Russel-Mulrooney-Cerritos, con un gran tiro nell'angolo della porte di San Jose portò i Galaxy in parità .
Nel secondo tempo continuarono le schermaglie fra le due compagini californiane, ma senza esito. E per la prima volta la MLS dovette andare ai supplementari. 
Supplementari che dopo pochi minuti, al 96', videro il golden gol di Dwayne DeRosario, che su un cross di Ronnie Eklund, spedì in porta la palla del titolo per gli Earthquakes.
In risposta alla tragedia di New York, il soccer USA decise di organizzare alcune amichevoli di beneficenza, e il 3 novembre 2001 22.235 spettatori sventolanti la bandiera USA assistettero ad una gran bella sfida al RFK Stadium di Washington fra Metrostars e D.C. United, vinta da quest'ultimi 1-0. I MetroStars erano rinforzati da numerose star quali Jurgen Klinsmann, John Harkes, Carlos Llamosa, Jeff Agoos, Mike McGinty (della A-League) e dal MLS MVP Alex Pineda Chacon.
I D.C. United presentavano invece l'ex nazionale inglese Des Walker, e il liberiano Delvin Sebwe. Richie Williams giocò un tempo per parte, uno col suo ex club, l'altro con la sua attuale squadra.
A fine stagione buone e cattive notizie giunsero alla MLS. La media spettatori era risalita a 14.700 a partita, ma le perdite di bilancio aumentarono ancora, anche se rappresentavo un nulla rispetto ai 500 e più milioni di debiti della Major League Baseball. La lega di conseguenza prese in considerazione la possibilità di una ristrutturazione, che saarebbe potuta risultare nella chiusura di due club oppure nel trasferimento degli stessi. E nonostante un nuovo contratto televisivo fino al 2006, Miami Fusion e Tampa Bay Mutiny chiusero i battenti.
Ma le prospettive di crescita della MLS erano più che buone, e gli investitori non intendevano assolutamente tirarsi indietro, dando speranza e stabilità alla lega.
MLS 2001
             Pd   W  D   L   GF  GA  Pts
      Eastern Division
Miami Fusion               26  16  5   5   57  36   53
NY/NJ MetroStars           26  13  3  10   38  35   42
New England Revolution     27   7  6  14   35  52   27
D.C. United                26   8  2  16   42  50   26
      Central Division
Chicago Fire               27  16  5   6   50  30   53
Columbus Crew              26  13  6   7   49  36   45
Dallas Burn                26  10  5  11   48  47   35
Tampa Bay Mutiny           27   4  2  21   32  68   14
      Western Division
Los Angeles Galaxy         26  14  5   7   52  36   47
San Jose Earthquakes       26  13  6   7   47  29   45
Kansas City Wizards        27  11  3  13   33  53   36
Colorado Rapids            26   5  8  13   36  47   23
Quarterfinals:
Chicago – Dallas 2-0,1-1, 2-0
Miami – Kansas City 2-0, 0-3, 2-1
San Jose – Colorado 3-1, 3-0
Los Angeles – New York 1-1, 1-4, 3-2, TB
Semifinals:      
San Jose – Miami, 0-1, 4-0, 1-0
Los Angeles – Chicago, 1-1, 1-0, 2-1
MLS CUP 2001: San Jose – Los Angeles, 2-1 (dts)
Marcatori: Hernandez (LA) 21', Donovan (SJ) 43', DeRosario (SJ) 96'
SAN JOSE EARTHQUAKES: Joe Cannon, Jimmy Conrad, Troy Dayak, Jeff Agoos, Wade Barrett, Ian Russell (Zak Ibsen 8'2), Richard Mulrooney, Ronnie Ekelund,
Ramiro Corrales, Ronald Cerritos (Dwayne DeRosario 85'), Landon Donovan 
LOS ANGELES GALAXY: Kevin Hartman, Ezra Hendrickson, Danny Califf, Greg Vanney, Paul Caligiuri (Adam Frye 53'), Simon Elliott, Mauricio Cienfuegos, Peter Vagenas, Sasha Victorine (Brian Mullan 75'), Luis Hernandez, Cobi Jones
Arbitro: Kevin Stott; Guardalinee: Roger Itaya, Daniel Wilson; Spettatori: 21,626
CLASSIFICA CANNONIERI GP G A Pts
Alex Pineda Chacon, Miami    25  19   9   47
Diego Serna, Miami           22  15  15   45
John Spencer, Colorado       23  14   7   35
Jeff Cunningham, Columbus    22  10  13   33
John Wilmar Perez, Columbus  25   8  15   31
Preki, Miami                 24   8  14   30
Ariel Graziani, Dallas      25  11   8   30
Abdul Thompson Conteh, D. C. 25  14   1   29
Ronald Cerritos, San Jose    25  11   6   28
Eric Wynalda, Chicago*       21  10   5   25
Cate, New England            22   8   8   24
Landon Donovan, San Jose     22   7  10   24
Jaime Moreno, D. C. United   24   9   6   24
Jason Kreis, Dallas          25   7  10   24
Manny Lagos, San Jose        26   8   8   24
Mamadou Diallo, Tampa Bay    22   9   5   23
Dema Kovalenko, Chicago      25   8   7   23
Peter Nowak, Chicago         18   6  10   22
Cobi Jones, Los Angeles      22   6  10   22
Jim Rooney, Miami            25   6   9   21
Brian Maisonneuve, Columbus  25   8   5   21
PORTIERI (Minimo 1,170 minuti)
GP MIN SHTS SVS C/P GA GAA W L SO
Tony Meola, Kansas City      31  2826  162   129   83   29   0.92   15-7-9   16
Zach Thornton, Chicago       27  2496  145   111   80   30   1.08   16-6-5    9
Joe Cannon, San Jose         25  2306  134   101   87   28   1.09   13-6-6    7
Nick Rimando, Miami          25  2300  155   116  107   33   1.29   14-5-5    5
Tim Howard, MetroStars       26  2370  190   146  102   35   1.33   13-10-3   4
Tom Presthus, Columbus       25  2309  178   136   65   35   1.36   12-7-6    5
Matt Reis, Los Angeles       16  1405   76    52   41   22   1.41   8-3-4     6
Tony Meola, Kansas City      17  1534  111    80   39   28   1.64   7-8-2     4
Matt Jordan, Dallas          26  2388  138    91   86   45   1.70   10-11-5   9
Mike Amman, D. C. United     19  1739  111    73   61   38   1.97   3-14-2    1
Scott Garlick, Colorado*     26  2400  205   138  102   56   2.10   6-15-5    1
Adin Brown, Tampa Bay*       22  2018  179   118   79   51   2.27   3-16-3    3
MLS Awards 2001
Most Valuable Player: Alex Pineda Chacon, San Jose Earthquakes
Goal of the Year: Clint Mathis, MetroStars
Coach of the Year: Frank Yallop, San Jose Earthquakes
Goalkeeper of the Year: Tim Howard, MetroStars
Defender of the Year: Jeff Agoos, San Jose Earthquakes
Rookie of the Year: Rodrigo Faria, MetroStars
Scoring Champion: Alex Pineda Chacon, Miami Fusion
Fair Play Award: Alex Pineda Chacon, Miami Fusion; Team: San Jose Earthquakes
Referee of the Year: Paul Tamberino
Humanitarian of the Year: Tim Howard, MetroStars
Comeback Player of the Year: Troy Dayak, San Jose Earthquakes
Athletic Trainer of the Year:  Rich Monis, Chicago Fire
Pepsi Best 11:
P – Tim Howard, MetroStars
D – Pablo Mastroeni, Miami Fusion
D – Carlos Llamosa, Miami Fusion
D – Jeff Agoos, San Jose Earthquakes
D – Greg Vanney, Los Angeles Galaxy
C – John Spencer, Colorado
C – Chris Armas, Chicago Fire
C – Peter Nowak, Chicago Fire
C – Preki, Miami Fusion
A – Alex Pineda Chacon, Miami Fusion
A – Diego Serna, Miami Fusion
All-Star Game: WEST – EAST 6-6
EAST: Nick Rimando (Tim Howard 46'), Carlos Llamosa (Mike Clark 46'), Mike Petke (Steve Jolley 46'), Pablo Mastroeni, Marco Etcheverry (Cate 56'), John Wilmar Perez (Jim Rooney 45'), Preki (Marco Etcheverry 74', Cate 56'), Ian Bishop, Santino Quaranta, Brian McBride (Diego Serna 46'), Alex Pineda Chacon (Mamadou Diallo 41')
WEST: Joe Cannon (Zach Thornton 46'), Jeff Agoos (Diego Gutierrez 46'), Marcelo Balboa (C.J. Brown 46'), Troy Dayak, DaMarcus Beasley (Jesse Marsch 46'), Mauricio Cienfuegos (Dema Kovalenko 46'), Manny Lagos (Landon Donovan 69', John Spencer 46'), Chad Deering (Matt McKeon 46'), Landon Donovan (John Spencer 46'), Ronald Cerritos (Luis Hernandez 46'), Ariel Graziani (Cobi Jones 46')
Marcatori: Donovan (West) 3', Donovan (West) 7', Donovan (West) 19', Pineda Chacon (East) 28', Graziani (West) 26', McBride (East) 34', McBride (East) 39', Diallo (East) 53', Kovalenko (West) 69', Rooney (East) 84', Cate (East) 87', Donovan (West ) 92'.
Arbitro: Noel Kenny – Spettatori: 23,512 – Stadio: Spartan Stadium, San Jose, CA.
